Formål

Beskrive hvordan Excel-ark fylles inn for prøver som skal importeres til LabVantage biobank (LV)

Målgruppe

Eksterne brukere som skal fylle ut Excel-ark til import i LV

Innhold

1	Generelt	1

2	Navnsetting av Excel-filer	1

3	Utfylling av excelskjema	1

3.1	Gule kolonner	2

3.2	Grønne kolonner	2

3.3	Blå kolonner	2

3.4	Hvite kolonner	2

3.5	Røde kolonner	2

3.6	Endre datoformat i celler i Excel	4

4	Masterdata	5

4.1	Sample type	5

4.2	Container type	5

4.3	Unit	5

4.4	Box type	5

4.5	Plassering av prøver i boks	6

5	Endringslogg	6

Interne referanser	6

Eksterne referanser	7

Generelt

Biobankprøver som skal lagres i infrastrukturen til Biobank Haukeland (BBH) må lagres på bestemte rør fra FluidX. For at disse rørene skal kunne importeres til vårt automatiserte fryselager må de registreres i LV, som er et biobank informasjons- og sporingssystemet som benyttes i Helse Vest.

Excelskjemaet som skal benyttes er lagt opp slik at det kan importeres direkte til LV om det fylles ut korrekt. Dere kan derfor ikke ta bort eller endre på kolonner og informasjon. Det er viktig at alle felt er fylt ut på riktig måte for at importen skal bli korrekt og godkjent.

Navnsetting av Excel-filer

Selve Excel-filen kan navngis etter eget ønske.

Navnet på Excel-fanen i filen må være Ark 1 ved innsendelse.

Det er ønskelig med en Excel-fil pr boks som sendes inn.

Utfylling av excelskjema

Skjemaet består av kolonner med 5 ulike fargekategorier. Noen kolonner er obligatoriske å fylle ut, andre er valgfrie. Hjelp til utfylling av Excel-ark og eksempler finnes i Tabell 1.

Gule kolonner

Obligatorisk utfylling av minst en av følgende punkt:

1) Personal id (personnummer)

2) External participant id

Prosjektet er selv ansvarlig for å holde orden på koblingsnøkkelen dersom ikke begge kolonner benyttes.

Grønne kolonner

Oligatorisk utfylling av alle grønne felt

Alle grønne kolonner må være utfylt for å kunne opprette prøvene i LV.

Blå kolonner

Valgfri utfylling av alle blå kolonner.

Informasjonen som legges inn her importeres til LV, men er ikke nødvendig for import av filen. Ubrukte kolonner skal stå tomme.

Hvite kolonner

Skal ikke fylles ut. Kolonnene fylles ut av BBH.

Røde kolonner

Skal ikke fylles ut. Inkludert for fremtidig implementering.

Tabell 1: Hjelp til utfylling av Excel-ark og eksempler

Overskrift på kolonne i Excel-ark	Kommentarer	Eksempler
Personal ID	Personnummer. MÅ skrives: ddmmååXXXXX	12057900499
External participant ID	Studie ID for deltager. Fritekst.	NO-Covid19-OUS-01
Visit	Bestemmes av prosjektet.	V0 (før operasjon) Baseline Visitt 1
External ID (Sample)	Barkode på rør (FluidX-rør) eller prøve-ID på etikett (f. eks Paxgene-rør).	FluidX-rør: FD17688470 Paxgene-rør: Paxgene Covid19 1 OUS
Collection date	Prøvetakningstidpunkt. Må skrives slik: åååå-mm-dd tt:mm Se Kapittel 3.6 for beskrivelse av hvordan datoformatet i cellen kan endres.	2020-08-12 08:00
Sample type	Prøvemateriale. Må samsvare med Sample type i LV. Se Kapittel 4.1.	Whole Blood Serum Urine
Container type	Navn på type rør. Må samsvare med Sample types i LV. Se Kapittel 4.2.	FluidX 300ul
Volume	Volum i prøvebeholder, kun tallverdien. Både komma og punktum aksepteres.	250 525 865 1,9 PaxGene-rør rommer 9,4 ml
Volume unit	Volumenhet. Må samsvare med Sample types i LV. Se Kapittel 4.3.	ul ml
Comment	Legg inn eventuell kommentar til prøven. Fritt bruk av tegn og tall men maksgrense for antall tegn (med mellomrom): 40.	Hemolysis Prøven er sentrifugert to ganger Prøven ikke i frys innen to timer
Box type	Type boks prøvene står i. Må samsvare med Sample types i LV. Se Kapittel 4.4.	Boks til 0.3 rør: FluidX 96 (11 mm) Paxgene boks: 7X7 Boks (dersom noe annet brukes, definer på lignende måte)
External ID (box)	ID på boks, barkode eller navn på etikett.	FluidX-boks: SA00925292, FH00023200 Bokser uten barkode: Navngi som ønsket. F. eks. Paxgene Covid19 OUS Box1
Position in box	Prøvens posisjon i boksen.	A1 H12
Freezedate	Dato og tidspunkt for innfrysning Må skrives på denne måten: åååå-mm-dd tt:mm. Se Kapittel 3.6 for beskrivelse av hvordan datoformatet i cellen kan endres.	2020-08-12 08:00
Treatment	Ikke tatt i bruk, inkludert for fremtidig implementering.
Preparation type	Ikke tatt i bruk, inkludert for fremtidig implementering.
Gender	Deltagerens kjønn.	Female Male
Consent date	Dato for gitt samtykke. Må skrives på denne måten: åååå-mm-dd tt:mm. Se Kapittel 3.6 for beskrivelse av hvordan datoformatet i cellen kan endres.	2020-08-12 08:00
Biobank ID	Fylles inn av Biobank Haukeland.
Cohort	Deltagerkohort. Navngivning bestemmes av prosjektet.	Risikogruppe, Kontroll, Sykdomskategori etc. Dersom ingen kategorisering av deltagerne er ønsket kan f.eks Biobank benyttes som Cohort.
Site	Innsamlingssted. Navngivning bestemmes av prosjektet.	OUS HUS AHUS
Service	Oppsett for videre behandling. Fylles inn av Biobank Haukeland ved behov.
Thaw count	Antall fryse/tine sykluser prøven har gjennomgått.	2
Protocol revision	Protokollrevisjon i LV. Fylles inn av Biobank Haukeland.	5

Endre datoformat i celler i Excel

Formateringsfeil kan forekomme. Dersom det er feil med datoformat kan det endres på følgende måte (se Figur 1):

Marker de aktuelle cellene.

Høyreklikk og velg Formater celler.

Velg egendefinert og skriv åååå-mm-dd tt:mm under Type:

Figur 1: Endre datoformat i excel

Trykk OK.

Masterdata

Sample type

Tabell 2: Prøvemateriale i LV

Sample Type
Buffy Coat
CSF
Faeces
Plasma
Saliva
Serum
Urine
Whole Blood

Dersom andre prøvematerialer er ønsket, ta kontakt med BBH for å avklare dette.

Container type

Tabell 3: Rørtyper i LV

Container Type
FluidX 1ml
FluidX 2ml
FluidX 300ul
FluidX 700ul
FluidX 800ul
PAX-RNA tube 2.5ml

Dersom andre rørtyper er ønsket, ta kontakt med BBH for å avklare dette.

Unit

Tabell 4: Enheter i LV

Unit
ml
ul
Vial

Dersom andre enheter er ønsket, ta kontakt med BBH for å avklare dette.

Box type

Tabell 5: Bokstyper i LV

Box types	Forklaring
10x10 Box
9X9 Box
8x8 Box
7X7 Box
FluidX 96 (11 mm)	Boks til 0,3 ml FluidX-rør
FluidX 96 (16 mm)	Boks til 0,7 ml FluidX-rør
FluidX 96 (24 mm)	Boks til 1 ml ml FluidX-rør
FluidX 96 (800 ul)	Boks til 0,8 ml FluidX-rør
FluidX 48 (23 mm)	Boks til 2 ml ml FluidX-rør

Dersom andre bokstyper er ønsket, ta kontakt med BBH for å avklare dette.

Plassering av prøver i boks

I LV angis plasseringen i boksen med bokstaver vertikalt og tall horisontalt som vist i Figur 2 og Figur 3. I 9X9 Box, 8x8 Box og 7X7 Box angis plasseringene som for en 10x10 Box, vist i Figur 3.

Figur 2: Prøveplassering i FluidX 96 (11 mm)-, FluidX 96 (16 mm)- og FluidX 96 (24 mm)-bokser.

Figur 3: Prøveplassering i 10x10 Box.

Endringslogg

Ikke skriv i endringsloggen. Endringer noteres i «Merknad til denne versjonen» i Dokumentvindu.

Versjon	Endringer i forhold til forrige versjon

Interne referanser

Eksterne referanser