Formål

Beskrive bruk av LabVantage Biobank (LV) for brukere som skal fordele biobankmateriale til FluidX-rør og lagre prøver i Biobank Haukeland (BBH). LV er et sporingssystem for biobankprøver anskaffet av Helse Vest.

Målgruppe

Personell som skal fordele biobankmateriale til FluidX-rør og registrere prøvene i LV.

Innhold

1.	Forkortelser/ordforklaring	2

2.	Generelt	2

3.	Pålogging	2

4.	Manuell innregistrering av prøver	3

4.1	Registrering av prøver med personummer	3

4.2	Registrering av prøver med koblingsnøkkel	5

5.	Legge til avvik og kommentarer på prøver	6

6.	Sjekke prøver inn i fryser	7

6.1	Finn FluidX-boks ved hjelp av strekkode	8

6.2	Finn FluidX-boks ved å finne den i fryserstrukturen	8

6.2.1	Dersom man trenger å vite plasseringen av alikvoter i FluidX boksen	9

6.2.2	Dersom man ikke trenger å vite plassering i FluidX boksen	9

7.	Opprette FluidX-boks og legge den i fryser	10

8.	Endringslogg	12

Interne referanser	12

Forkortelser/ordforklaring

Forkortelse	Beskrivelse
Attributt	Egenskap/informasjon knyttet til prøven i LV. F.eks spørsmål om prøven er gjennomført fastende. Forhåndsdefineres ved opprettelse av prosjekt i LV og kan knyttes til prøvene ved innleggelse.
BBH	Biobank Haukeland
LIMS Menu	Hovedmenyen i LV
LV	LabVantage Biobank

Generelt

Biobank Haukeland (BBH) benytter seg av sporingssystemet LabVantage Biobank (LV) som er anskaffet for Helse Vest. Systemet er et verktøy for å sikre god sporbarhet og dokumentasjon for biobankprøvene som samles inn i Helse Vest. Bruk av LV er en forutsetning for å lagre prøver i BBH sitt automatiske fryselager.

Pålogging

Åpne LV ved å søke etter LabVantage Biobank Prod i startmenyen.

Figur 1: Finne LabVantage Biobank i startmeny

Logg på LV med AD-brukernavn og passord (brukernavn og passord som brukes til pålogging på HV-IKT PC). Du vil da få opp hovedmenyen til LV, LIMS Menu (se Figur 2). Hver linje i menyen omtales som en trikkelinje, mens valgene i menyen omtales som trikkestopp.

Figur 2: Hovedmeny Biobank Performer

Hovedmenyen kan alltid finnes ved å trykke på øverst i venstre hjørnet.

Manuell innregistrering av prøver

For å registrere primærrør og alikvoter i LV brukes trikkestoppet Recieve and Accession Samples, sortert under Sample Management.

Trykk på Recieve and Accession Samples i menyen, får opp bilde i Figur 3.

Figur 3: Registrering av prøver

Fyll inn:

Biobank	Velg ønsket Biobank Trykk på Select & Return
Site	Prosjektspesifikk parameter
Cohort	Prosjektspesifikk parameter
Choose Clinical Events	Velg ønsket Visit
Additional Attributes	Legg inn prøvetakningstidspunkt

Når informasjonen er fylt ut, velg Next.

Man kan nå velge om man ønsker å registrere donor med personnummer (kap 4.1) eller bruke en koblingsnøkkel (kap 4.2).

Registrering av prøver med personummer

Knytt donor til alikvotene (Figur 4). Feltet Personal Id er knyttet opp mot folkeregisteret.

Legg inn personnummer og trykk Search Subject (eller trykk enter)

Informasjon om donor kommer opp. Kontroller at navnet stemmer. Sjekk at donoren er haket av under Search Results og velg Next.

Hak av donor Skriv inn personnr og trykk Enter

Figur 4: Knytte donor til alikvotene

Dersom donoren ikke allerede er registrert i biobanken vil du få et spørsmål om du ønsker å inkludere donoren. Velg Enroll. Neste skjermbilde (Figur 5) er en oversikt over forhåndsdefinerte prøver i den valgte visitten

Hak av de prøvene som skal opprettes i systemet, både primærrøret og alikvotene

External Participant ID: Legg inn prosjektets donor ID (dersom denne finnes)

Sample Alias: Skann 2D-barkoden på FluidX-rørene inn i feltet

Trykk på Next når alle alikvotene er skannet

Skann nn barkoden Hak av primærrør og alikvoter

Figur 5: Valg av prøver og scanning av FluidX-rør

I neste skjembilde (Figur 6) kan det legges inn kommentar /endre informasjon om primærprøve/alikvoter.

Dersom ingen endring: Trykk Next

Figur 6: Legge inn kommentar/endre informasjon

I neste skjermbilde kan man legge til attributter til prøvene ved å klikke på plusstegnet (Figur 7).

Trykk Next.

Figur 7: Legge inn attributter til prøvene.

Neste skjermbilde (Figur 8) er en oppsummering av prøvene (primærrør og alikvoter) som er registrert.

For å registrere flere biobankprøver: Velg Accession More

Når alle biobankprøver er registrert: Velg Complete.

Neste side som vises er Allocated Samples, se kap 6 Sjekke prøver inn i fryser

Figur 8: Oppsummering av primærrør og alikvoter som er registrert

Registrering av prøver med koblingsnøkkel

Det er også mulig å benytte koblingsnøkkel for å koble donor til alikvotene.

Velg Add New Subject (Figur 4)

I den nye vinduet (Figur 9) som kommer opp registreres:

Gender: Velg et alternativ (male, female eller not applicable)

Trykk Save og Close

Figur 9: Legg inn beskrivelse av new subject

Sjekk at donoren er haket av under Search Results og velg Next.

Velg Enroll. Neste skjermbilde (Figur 5) er en oversikt over forhåndsdefinerte prøver i den valgte visitten.

Den resterende delen av registreringen er tilsvarende som beskrevet i kap 4.1 Registrering av prøver med personummer, punkt 4.

Dersom biobanken har flere visitter, må man benytte den systemgenererte Participant ID for å finne igjen donor ved neste visit. Dette nummeret må noteres ned sammen koblingsnøkkelen.

Den enkleste måten å finne dette nummeret på er å klikke seg fram til siste side av registreringen (Figur 10) og:

Trykk på Sample

Velg Clinical Data og finn Participant ID

Figur 10: Participant ID benyttes for å finne igjen donor ved neste visit

Ved senere visitter:

Participant Identifier: Tast inn Participant ID (Figur 11)

Figur 11: Man benytter Participant ID for å knytte alikvoter til donor ved påfølgende visitter

Legge til avvik og kommentarer på prøver

I Allocated Samples og Admin sample list kan avvik og kommentarer legges til på prøver.

Fra hovedmenyen kan dette gjøres via trikkestopp Allocated Samples /Admin Samples, sortert under Sample Management. Se Figur 12 for bilde som dukker opp.

I Allocated Samples/Admin Sample list:

Hak av de prøvene det skal legges inn avvik/kommentar på.

Velg Other Tasks

Velg enten Record Discrepancy eller Add Comment.

Figur 12: Legge til avvik/kommentar på prøver

Record Discrepancy:

Forhåndsdefinerte kommentarer. Velg kommentar i nedtrekksliste og trykk OK og Close. Se Figur 13

Figur 13: Record Discrepancy

Add Comment:

Kommentar i fritekst (max 40 tegn). Skriv ønsket kommentar i feltet og trykk Save og Close. Se Figur 14

Figur 14: Add Comment

Sjekke prøver inn i fryser

I Allocated Samples kan prøver/alikvoter sjekkes inn i FluidX-boks og fryser.

Fra hovedmenyen kan prøver sjekkes inn via trikkestopp Allocated Samples, sortert under Sample Management. Se Figur 15 for bilde som dukker opp

Figur 15: Sjekke prøver inn i fryser

Hak av for alikvotene som skal fryses

Trykk Set Freeze Date og velg dato. Trykk på OK

Trykk på Check In

Man kan finne korrekt FluidX-boks ved hjelp av strekkode på boksen (kap 6.1) eller finne FluidX-boks i fryserstrukturen (kap 6.2).

Finn FluidX-boks ved hjelp av strekkode

Sjekk at Target Storage Unit og Scan Alias er haket av (se Figur 16)

I feltet: Skann barkode på FluidX-boks. Eventuelt kan barkode skrives inn manuelt og trykke Enter

Figur 16: Hak av Target StorageUnit og Scan Alias før FluidX-boks kan scannes inn

Finn FluidX-boks ved å finne den i fryserstrukturen

Trykk på og velg Storage Explorer (se Figur 17)

Figur 17: Velg Storage Explorer

Velg den aktuelle fryseren og trykk Explore (se Figur 18)

Figur 18: Valg av aktuell fryser

Velg den aktuelle boksen i fryseren ved å hake av boksen og velge Select and Return (se Figur 19)

Figur 19: Valg av aktuell boks i fryser

Et bilde av FluidX-boksen vises på høyre side av skjermen. Gå videre til neste punkt dersom det er ledig posisjon i boksen.

Dersom ny boks må opprettes: Gå til kap 7 Opprette FluidX-boks og legge den i fryser. Start deretter på nytt i kap 6 Sjekke prøver inn i fryser.

Nå kan prøvene/alikvotene plasseres i valgt FluidX-boks. Det kan gjøres på to måter:

Ønsker man å vite prøvenes/alikvotenes eksakte plassering i FluidX-boksen , se kap 6.2.1

Trenger man ikke å vite prøvenes/alikvotenes eksakte plassering i FluidX-boksen, se kap 6.2.2

Dersom man trenger å vite plasseringen av alikvoter i FluidX boksen

Hak av (Sample) og Scan Alias Se Figur 20

Figur 20: Hak av før alikvoter kan skannes inn i FluidX-boks

Skann deretter alikvoten. Den vil da bli plassert i neste ledige posisjon i boksen. Etter en prøve er skannet, blir de markert med et barkodesymbol til venstre (se Figur 21).

Figur 21: Skanne inn en alikvote i en FluidX-boks

Når alle alikvotene er skannet inn, velg Save.

Fjern hake under kolonnen Thawed. Trykk OK

Dersom man ikke trenger å vite plassering i FluidX boksen

Hak av alle prøvene man ønsker å flytte over i boksen og trykk Auto File. Alikvotene blir plassert i de neste ledige posisjonene i boksen. Etterpå blir prøvene markert med et barkodesymbol til venstre (se Figur 21).

Velg Save.

Fjern hake under kolonnen Thawed. Trykk OK

Prøvene/alikvotene har fått en oppdatert plassering. Boksen er registrert i en fryser, og alikvotene er nå sjekket inn i en fryser/boks.

Legge inn avvik for prøver/alikvoter:

Hak av prøvene du vil legge til avvik på og velg Add Discrepancy.

Velg avvik fra nedtrekkslisten, se Figur 13.

Trykk OK og Close

Opprette FluidX-boks og legge den i fryser

Velg trikkestopp Boxes, under Storage. Se Figur 22.

Figur 22: Valg i LIMS-meny for å opprette FluidX-boks i fryser

Trykk på øverst i venstre hjørne. Bilde i Figur 23 kommer opp.

Velg custodial department Skann barkode på boksen Velg bokstype

Figur 23: Oppretting av FluidX-boks.

Fyll inn:

External Id	Scan barkode på FluidX-boks
Storage Unit Type	Velg FluidX-boks i rullegardin og dobbelklikk For FluidX-rør har BH 4 ulike bokser FluidX 48 (23 mm) 2,0 ml FluidX-rør FluidX 96 (11 mm) 0,3 ml FluidX-rør FluidX 96 (16 mm) 0,7 ml FluidX-rør FluidX 96 (24 mm) 1,0 ml FluidX-rør FluidX 96 (800 ul) 0.8 ml FluidX
Custodial Department	Prosjektspesifikk parameter

Trykk på Save når all informasjon er lagt inn

Trykk på Return. Kommer da til boksliste (Box list). Dersom den nyopprettete boksen ikke sees i Box list, søk etter den i søkerfeltet.

Hak av for den nyopprettede boksen og trykk på File (se Figur 24).

Figur 24: Velge ønsket boks fra boksliste

I neste skjermbilde (Figur 25) skal FluidX-boksen plasseres i en fryser, både i LV og i den fysiske fryseren

Figur 25: Sjekke inn en boks, finne korrekt plassering i fryser

Trykk på for å se tidligere brukte plasseringer og bokser. Dersom du ikke finne ønsket plassering her, trykk på Close og gå til neste punkt

Trykk på og velg Storage Explorer (se Figur 26)

Her kan du lete I alle fryserne I systemet

Figur 26: Velg Storage Explorer for å finne liste med aktuelle frysere

Finn den aktuelle fryseren i listen som dukker opp (se Figur 27).

Trykk på plussstegnet for å åpne frysen og se innvendig struktur

Trykk på plusstegn for å se fryserens innvendige struktur

Figur 27: Trykk på plusstegn for å se fryserens innvendige struktur

Trykk videre på plusstegnene for å komme til ønsket plass i strukturen (se Figur 27). Bokser plasseres i en slot.

Hak av ønsket slot og trykk på Select & Return (se Figur 28).

Valgt plassering kommer opp på venstre side.

Trykk på plusstegn for å komme til ønsket område i fryseren

Figur 28: Trykk på plusstegn for å åpne strukturen i fryseren

Hak av boksen (til venstre i skjermbildet) og velg Auto File

Trykk på Save.

Boksen er nå plassert i fryseren i LV. Plasser boksen fysisk i angitt fryser/posisjon

Trykk på for å komme tilbake til LIMS menu

Endringslogg

Ikke skriv i endringsloggen. Endringer noteres i «Merknad til denne versjonen» i Dokumentvindu.

Versjon	Endring i denne versjonen
2.00	Endret godkjenner Endret mal Justert tabellstørrelse Endret bilder i henhold til systemet etter Oppgradering Lagt til info om FluidX 800 ul rør/bokser Endret siste side i R&A flyt til Allocated samples etter endring 9/2-23

Interne referanser

13.7.15.1-01	Brukerveiledning for LabVantage Biobank, Biobank Haukeland

Eksterne referanser